その歴史は古く、飛鳥時代に聖徳太子により「椿山寺」の名で建立されたと伝わる。
竹林院という寺名となったのは室町時代に後小松天皇の勅命によるもので、室町時代の末頃に21代目住職・祐尊に現在地に移築、庭園もその頃から作庭がはじまったそう。
... そして千利休や細川幽斎の改修と伝わる庭園“群芳園”は大和三名園の一つ。
世界遺産・吉野山で豊臣秀吉も滞留したという宿坊。